Perasović je već vodio Anadolu Efes u sezoni 2010./2011. O njegovom povratku u taj klub nagađalo se posljednjih tjedana, a španjolske sportske novine "Mundo Deportivo" tvrde da je Baskoniji plaćena odšteta od 300.000 eura budući da je u veljači bio produžio ugovor.

S Kutxom Laboral izborio Final four

Perasović je bio preuzeo Baskoniju u rujnu nakon što je kao izbornik Hrvatske bio poražen u osmini finala Europskog prvenstva od Češke. U veljači je s klubom iz baskijskog grada Vitorije produžio ugovor za dodatnu sezonu do 30. lipnja 2017.

Ove sezone je s Baskonijom došao do Final Foura Eurolige u Berlinu, a u prvenstvu je ispao u polufinalu doigravanja od Barcelone.