Grafina karijera obilježena je i velikim rivalstvima, a jedno od najupečatljivijih bilo je s jugoslavenskom (kasnije američkom) tenisačicom Monikom Seleš. Seleš je kao tinejdžerica u ranim 90-ima potresla svijet tenisa svojom agresivnom igrom i neprikosnovenom borbenošću, pomaknuvši Graf s trona. Njihovo rivalstvo bilo je intenzivno, ali uvijek korektno. Ipak, tragičan incident 1993. – kada je Seleš u Hamburgu izboden nožem tijekom meča, od strane Grafinog opsesivnog navijača – prekinuo je taj niz epskih susreta. Iako su se obje igračice vratile na teren, Seleš nikada nije u potpunosti nastavila tamo gdje je stala, a Graf je ponovno preuzela dominaciju u ženskom tenisu.