Njemu će ovo biti četvrti razvod. Rupertova prva žena bila je Patricia Booker, stjuardesa iz Melborunea, s kojom ima kći Prudence, a razveli su se 1966. nakon 11 godina braka. Godinu kasnije oženio je škotsku novinarku Annu Mann, bili su 32 godine u braku i dobili troje djece: Elizabeth, Lachlana i Jamesa. Razveli su se 1999. godine, ona je rastavom dobila 1,7 milijardi dolara. Murdoch je zatim oženio 38 godina mlađu Wendi Deng, koju je upoznao dok je bila pripravnica na jednoj od televizijskih postaja u njegovom vlasništvu. Murdoch i Deng, dobili su kćeri Chloe i Grace, a razveli su se već 2013. godine. Osim onoga što joj je garantirao predbračni ugovor, Deng je dobila 44 milijuna dolara vrijedan stan u New Yorku i 20 milijuna dolara vrijednu nekretninu u Pekingu.